Mục tiêu của chương trình nhằm thúc đẩy phát triển và ứng dụng hiệu quả CNC trong lĩnh vực nông nghiệp, góp phần xây dựng nền nông nghiệp phát triển toàn diện theo hướng hiện đại, sản xuất hàng hóa lớn, có năng suất, chất lượng, hiệu quả và sức cạnh tranh cao, đạt mức tăng trưởng hàng năm trên 3,5%; bảo đảm vững chắc an ninh lương thực, thực phẩm quốc gia cả trước mắt và lâu dài.
Theo chương trình, đến năm 2015, hình thành và phát triển ít nhất 80 DN nông nghiệp ứng dụng CNC; đưa tỷ trọng giá trị sản xuất nông nghiệp ứng dụng CNC chiếm khoảng 15% tổng giá trị sản xuất nông nghiệp của cả nước.